多元、正義的原住民族政策
民族別的認定是扁政府落實民族權的第一步，扁政府7年多來，原住民族由9族增為13族。
扁政府重視原住民族語言，讓原住民說自己的話，同時於2005年7月1日成立亞洲第一個原住民族電視台。
2005年起辦理原住民族重點部落計畫，扁政府3年來共計輔導78個重點部落，創造就業人數3,524人。
正民族的名，也正自己的名
原住民的民族別認定是扁政府落實民族權的第一步，因此在一般所認知的9族之外，又接續在2001年認定了邵族、2002年認定了噶瑪蘭族、2004年認定太魯閣族以及2007年認定撒奇萊雅族等。
由於每一個原住民族都有著不同的人名命名文化，所以尊重原住民自由選擇回復個人的傳統名字，並得以呈現在身分證上，同樣也是尊重文化以及強化認同的政策與行動。因此在2001年1月1日「原住民身分法」實施時，原住民族人口數為39萬5,882人，至2007年9月，已增至48萬2,000人，以相當之比例逐年增加。
屬於原住民自己的電視台成立
扁政府2005年7月1日成立亞洲第1個原住民族電視台，從籌備至2007年投入金額達新台幣8億元以上，使原住民族擁有媒體使用、發聲及詮釋權，保障原住民族媒體使用的能力與權利，滿足原住民族的基本人權，原住民對原住民族電視台的整體滿意度，2006年7月的收視調查，達到89.2％的高峰。
原住民族地區多處偏遠，為解決其收視不良的情形，扁政府共星共碟計畫（裝設小耳朵）已投入2億9,900萬元，截至2007年止，共改善5萬4,835戶的電視收視不良情形，其餘部分將在2008年完全解決。
恢復原住民族傳統領域
扁政府自2002年起調查原住民族傳統領域土地，至2006年底已確認325個部落傳統領域範圍，並蒐集7,684個地名及3,219個故事，並於2007年10月18日公告新竹縣尖石鄉玉峰村及秀巒村之泰雅族傳統領域土地，未來將繼續比照辦理公告其他族群之傳統領域。
依據1966年測量結果，原住民保留地面積為240,634公頃，政府於2005年核定第一批漏報增劃土地計4,026公頃，2007年又核定第二批漏報增劃土地計2,704公頃，原住民保留地面積增為264,163公頃。
價購原住民使用之台糖公司土地
扁政府為保障原住民土地權利，於2007、2008年價購原住民使用之台糖公司位於花蓮、台東、屏東等三縣土地，約68公頃，價購程序完成後，將循補增劃編原住民保留地之程序，分配給現使用人。
落實原住民部落永續發展
「原住民部落永續發展計畫」辦理原住民重點部落整體發展之規劃，以產業發展、社福醫療、社區治安、人文教育、環境景觀、環保生態等六大面向，將中央政府經費直接挹注於部落內結合地方資源之執行方式，推動全面性的社區改造運動，並以尊重部落自主發展及落實部落自主規劃為願景，以突破舊思維方式將中央政府資源直接與部落發展連結，對於部落自主、營造振興部落新風貌具有深遠影響。
本計畫2005年至2007年共計輔導78個重點部落，創造就業人數3,524人，並設立老人關懷站21個部落、辦理青少年文化成長班17個部落、部落生命史調查72個部落、族語振興研習59個部落、數位學習43個部落等。